İslam Düşünce Atlası düşünce tarihi açısından Avrupa merkezci gerekçelerle “yok hükmünde” sayılan bir dönemi ayrıntılı bir biçimde göstermekte ve genel düşünce tarihi çizgisine dahil etmektedir. İslam düşünce tarihiyle ilgili bilimsel bir geçerliliği bulunmayan ve “tarih hırsızlığı” anlamına gelen Oryantalist dönemlendirmeler terk edilerek İslam düşünce geleneğinin kendi iç dinamikleriyle tutarlı, objektif, dinamik ve sürekli bir dönemlendirme aracılığıyla İslam düşünce tarihi yeniden yazılmıştır. Yaklaşık bin yıl boyunca küre ölçeğinde düşünce tarihinin ana merkezi haline gelmiş olan Dâru’l-İslâm, düşünce tarihi yazımının dışına itilerek bir “coğrafya hırsızlığı”na maruz bırakılmıştır. İslam Düşünce Atlası’yla birlikte Mâverunnehir, Horasan, Bilâd-ı Rûm, Mağrip, Sind-Hind gibi havzalar ve Buhara, Sivas, Konya, Semerkant, Belh, Herat, Amasya gibi kadim İslam şehirleri düşünce tarihinin özneleri olarak hatırlamaya davet ediyor.
